我最近写了一个关于超临界水的in文件，里面用到了fix shake命令，但运行的时候一直报错ERROR: Invalid fix style，我对照manuel检查了命令格式，没有发现问题，禁了fix shake后运行又出现ERROR: Invalid compute style，都没查出问题在哪里，请各位大侠不吝赐教，小女子先谢过了

以下是我的in文件

units real

dimension 3

boundary p p p

atom_style full

pair_style lj/charmm/coul/charmm 7.5 8.0 8.0 10.0

bond_style harmonic

angle_style harmonic 

read_data data.Mol 

angle_coeff 1  55.0000   104.5200 

bond_coeff  1  450.0000   0.9572 

pair_coeff 1 1 0.1521 3.1507

pair_coeff 1 2 0.0836 1.7753

pair_coeff 2 2 0.0460 0.4000

region 1 block INF INF INF INF INF INF 

velocity all create 640 100 

velocity all scale 640 

#group water type 1 2

fix 1 all shake 0.0001 20 0 b 1 a 1

fix 2 all npt temp 640 760 1000 iso 236.92 236.92 1000 drag 1

timestep 0.01

compute 1 all ke

compute 2 all pe

compute 3 all temp 

compute 4 all dilatation/atom

compute 5 all displace/atom

thermo 500

thermo_style custom temp press density vol pe ke etotal enthalpy

run 1000

data文件如下

LAMMPS data file from msi2lmp v3.8 for Mol

      6 atoms

      4 bonds

      2 angles

      0 dihedrals

      0 impropers

   2 atom types

   1 bond types

   1 angle types

    -0.854007846     3.056692154 xlo xhi

    -0.764937233     3.145762767 ylo yhi

    -1.347689527     2.563010473 zlo zhi

Masses

   1  15.999400

   2   1.007970

Atoms

      1      1   1 -0.798200     0.121798883     0.387575451     0.043193656   0   1   0

      2      1   2  0.399100     0.308427222     1.054689176    -0.656528781   0   1   0

      3      1   2  0.399100     0.163119246    -0.433256524    -0.481969457   0   1   0

      4      2   1 -0.798200     1.973583684     2.001768480     1.988670964   0  -1   0

      5      2   2  0.399100     2.453643042     1.441265665     1.343893247   0  -1   0

      6      2   2  0.399100     1.587480847     2.690434354     1.408703210   0  -1   0

Bonds

     1   1      1      2

     2   1      1      3

     3   1      4      5

     4   1      4      6

Angles

     1   1      2      1      3

     2   1      5      4      6

 fix shake 所需要的rigid panckage 出问题了

在MS里面进行建模，然后再lammps里面运行，建模的有机分子是BMIM-，我们的烷基侧链是丁烷的 文献中提示里面的C-H 采用fix shake 进行constrained，但是一直报错 fix shake

我们的fix shake命令式这样的：

fix             mobile0 mobile  shake 0.0001 20 10 b 4 6 7 9 11 13  #对bond 4 6 7 9 11 13 进行constrained

结果一直报错，错误如下：

|

fix             mobile0 mobile  shake 0.0001 20 10 b 4 6 7 9 11 13

ERROR: Shake cluster of more than 4 atoms (../fix_shake.cpp:901)

求大神指点指点的啊    下图是建模基本分子的BMIMPF6

lammps中fix shake只能限制小基团的键长键角，比如水分子，CH3 ，CH2这样比较小的基团，你的碳链太长，应该是这个问题，手册中有详细的介绍， In LAMMPS, only small clusters of atoms can be constrained. This is so the constraint calculation for a cluster can be performed by a single processor, to enable good parallel performance. A cluster is defined as a central atom connected to others in the cluster by constrained bonds. LAMMPS allows for the following kinds of clusters to be constrained: one central atom bonded to 1 or 2 or 3 atoms, or one central atom bonded to 2 others and the angle between the 3 atoms also constrained. This means water molecules or CH2 or CH3 groups may be constrained, but not all the C-C backbone bonds of a long polymer chain，

长碳链lammps貌似是实现不了，如果你懂编程可以自己试试,或者换个软件吧